В июнe Митрoфaнoв был лишeн депутатской неприкосновенности для привлечения в качестве обвиняемого по уголовному делу о покушении на мошенничество.
Решение снять Митрофанова с поста главы комитета было положено по инициативе замглавы комиссии по депутатской этике Андрея Андреева (КПРФ).
В Компартии обратили внимание, что Митрофанов находится за границей, уже три месяца не появлялся в Думе и не может приводить в исполнение свои депутатские обязанности. Вице-спикер Сергей Железняк («Единая Россия») согласился, что многомесячное отсутствие Митрофанова в Думе делает решение КПРФ логичным.
Спикер палаты Сергей Нарышкин сказал, что будет соблюден принцип распределения комитетских постов между фракциями, поскольку Митрофанов был членом фракции СР, его место сохраняется за фракцией эсеров. Те уже выдвинули на этот пост Леонида Левина, который сейчас занимает место первого замглавы информационного комитета.
В августе 2013 года гор. суд Москвы приговорил к лишению свободы двух фигурантов дела о крупном мошенничестве: они получили от бизнесмена 2,2 миллиона рублей, пообещав ему нужное решение арбитражного суда, на которое на самом деле никоим образом не могли повлиять.
Свидетелем по делу проходил Митрофанов, который якобы присутствовал при передаче взятки, однако гражданское состояние неприкосновенности не позволило следователям его задержать и мобилизовать к ответственности. Митрофанов в течение 20 лет был членом ЛДПР, а в 2007 году перешел в «Справедливую Россию».
Весной 2012 года Митрофанов, Левин и еще несколько эсеров наперекор позиции фракции, проголосовали за утверждение Дмитрия Медведева на посту премьера и были отстранены от работы фракции, хотя формально остались в ее составе (думский регламент без послаблений предписывает каждому депутату быть членом фракции, выход из фракции влечет за собой лишение депутатского мандата).
